Региональное духовное управление мусульман Республики Башкортостан было образовано решением I съезда мусульман региона от 18 июня 2003 года, который состоялся в конференц-зале комплекса-мечети «Ляля-Тюльпан». На форум собрались 120 делегатов-священнослужителей (имам-хатыбы и имам-мухтасибы) из разных уголков республики. ЦДУМ России со времен своего учреждения в 1798 году всегда располагалось в Уфе, столице РБ. Помимо своих основных функций по централизованному управлению российским исламом, оно, в частности, осуществляло координацию мусульманских приходов на территории Башкирии – региона своей исторической дислокации. В конце XX столетия, когда в стране сменился политический строй, и финансово-экономические взаимоотношения стали одной из главных составляющих повседневной жизни, назрела необходимость в создании самостоятельной структуры, которая бы возглавила местные махалля. В связи с этим 30 апреля 2003 года на очередном пленуме ЦДУМ России было принято решение об организации в Республике Башкортостан Регионального духовного управления мусульман и назначении муфтием РБ Мухаммада-хазрата Таджуддинова. Выступавшие делегаты единодушно поддержали утвержденные нововведения. Съезд избрал Президиум РДУМ, а также Ревизионную комиссию. Подробно обсуждались вопросы, касающиеся расходов на содержание мечетей (оплата газа, электроэнергии, налога на землю), преподавание основ этики и исламской культуры в общеобразовательных школах, обучение мусульман основам Ислама, намазу, арабскому языку. Данная структура функционировала в качестве подразделения ЦДУМ и курировала более 550 мечетей в регионе, относящихся к Центральному духовному управлению мусульман России. На III съезде РДУМ РБ было принято решение о юридической регистрации организации, которое помогло облегчить решение вопросов взаимодействия религиозных учреждений со светскими организациями, более того, облегчило курирование мечетей, количество которых в республике постоянно растет.
РДУМ РБ тесно взаимодействует с руководством республики, администрациями районных центров, участвует в правительственных мероприятиях. Особое внимание РДУМ уделяет повышению квалификации имамов, ежегодно проводит в Чишмах Всебашкирский сход мусульман. Башкортостан – многонациональная и многоконфессиональная республика. Тем не менее, конфликтов на этой почве в регионе нет. Позитивный результат достигнут не только благодаря эффективной работе государственных и правоохранительных органов, но и за счет активной общественной позиции Регионального духовного управления мусульман РБ в составе ЦДУМ России.