В январе 1991 г. был создан Астраханский мухтасибат, который возглавил имам Центральной мечети № 1 Назым – бек Ильязов. В мае 1994 г. мухтасибат был преобразован в муфтият. Официально он стал называться «Духовное управление мусульман Астраханской области» (ДУМАО), а после государственной регистрации 6 июня 1999 г. получил наименование «Астраханское региональное духовное управление мусульман» (АРДУМ). Муфтият возглавил Н. Ильязов. АРДУМ остался в зоне юрисдикции ЦДУМ – исторического преемника ОМДС, которому подчинялись мусульманские «приходы» Астраханской губернии до революции. В 1992 г., на IV Чрезвычайном съезде ДУМЕС, переименованного в ЦДУМ, Ильязов стал членом правления («Шура»), а затем Исполкома ЦДУМ. А с ноября 2005 г. он оказался сначала одним из заместителей, а вскоре одним из первых заместителей председателя ЦДУМ.
В ноябре 2000 г. в Астрахани состоялся Миротворческий форум муфтиев Юга России, в работе которого приняли участие духовные лидеры мусульман Северного Кавказа и Нижнего Поволжья, председатель ЦДУМ муфтий Т. Таджуддин, а также Полномочный представитель президента РФ по Южному федеральному округу В. Казанцев. По результатам форума было принято заявление, в котором содержался призыв к упрочению мира и согласия, искоренению терроризма, предотвращению межнациональных и гражданских конфликтов на Юге России.
Руководство АРДУМ, несмотря на целый ряд трудностей, проводит результативную деятельность, развивающую в области религиозное просвещение, образование и благотворительность. Большое внимание АРДУМ уделяет участию в мероприятиях, посвященных социальным проблемам, а также вопросам мира и межконфессиональной стабильности в регионе. Муфтий Н.Ильязов принимает деятельное участие в миротворческой деятельности и межконфессиональном диалоге, выступает на местных, всероссийских и международных форумах и конференциях, с призывами сохранения мира и согласия между представителями всех конфессий и национальностей
В июне 1997 г. при Белой мечети было медресе «Хаджи-Тархан», с 2000 г. – «Исламский институт "Хаджи-Тархан"» (ныне – Исламский колледж). С началом реставрационных работ по Белой мечети медресе было переведено в здание рядом с восстанавливающейся Чёрной мечетью. «Хаджи – Тархан» даёт высшее мусульманское образование: мужчины по окончании получают специальность «имам – хатыб», женщины – «теолог, преподаватель основ ислама». Обучение в институте проходит по двум формам: очно – заочное и очное. На первом шакирды обучаются 5 лет по субботам и воскресеньям, по 20 часов в неделю. На очном отделении – 4 года, пять дней в неделю с понедельника по пятницу. Основные учебные религиозные дисциплины: правила чтения Корана («таджвид»), история ислама, основы вероучения, фикх (ханафитского мазхаба), жизнеописание пророка Мухаммада («сира»), арабский язык и др., а также светские предметы: отечественная история, философия, психология, педагогика и др. В ряде городских и сельских мечетей открылись мектебы и курсы по изучению ислама. Так, например, в 2000 году при мечети с. Красный Яр Красноярского района Астраханской области была открыта воскресная школа по изучению Корана для детей и взрослых. Постепенно усилиями верующих в религиозных общинах возрождаются традиции мусульманской благотворительности.
Ислам во многом определяет конфессиональную и этнокультурную ситуацию в Астраханской области. По данным переписи 2010 года «мусульманские» этносы составляли 25% от общей численности населения области. Следует отметить, что роль исламского фактора в жизни региона в настоящее время все более возрастает.